明崇祯二年、后金天聪三年（1629年）十二月，朱由检将袁崇焕下狱。
这范文程所用之计策，正是兵书上常说的‘反间计’。原来明京两门外的议和书，都是由范文程捏造的，守门的兵目，得了此书，飞报崇祯帝，崇祯帝便命亲近太监，出城访查，不料途中伏着后金兵，被他拿去两名。这两名太监，捉入满营，由高鸿中监守。高鸿中是汉人，与明太监言语相通，渐渐说得投机，非但不加刑具，并且好酒好肉的款待。鸿中与二太监酣饮，有一兵官模样，入会高鸿中见二太监在座，慌忙退出。高鸿中假作酒醉，忙起座追出门外，与兵官密谈。二太监见无人在座，便掩到门后窃听，模模糊糊的，听得袁崇焕已经允议，明晨我兵退五里下寨，言毕，匆匆径去。
二太监以目相视，忙即回座，鸿中亦入门再饮数巡，说是要摒挡行李，恕不陪饮。高鸿中随即离去，二太监趁这时光，走出帐外，见帐外无人把守，便一溜烟的跑回明京，详禀崇祯帝。
崇祯帝因袁崇焕擅杀毛文龙，已是不悦，及闻了私自议和的消息，便召见袁崇焕，斥责他种种专擅。而此时北京城外的勋戚大臣等人对袁崇焕也是极度不满，纷纷向朝廷告状：“袁崇焕名为入援，却听任后金军劫掠焚烧民舍，不敢前去阻拦。”实则是因为城外的外戚勋臣的庄园土地被后金军蹂躏殆尽。
当初后金军进入的关口是属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知后金军入关，直逼京城，于是千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，朱由检对此也很怀疑，所以袁崇焕两次请求带兵入城修整都被崇祯帝拒绝，再加上此时后金军也设计离间，说袁崇焕与后金军有秘密约定。十二月，朱由检终将将袁崇焕下狱。
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，并意图一并杀死钱龙锡。崇祯三年（1630年）八月十六日，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产，实则家无余财。
袁崇焕，盖世之才，治辽事而有余，然内毁于阉党，外罹于反间，一代英雄死于非命。
说道袁崇焕，不得不提一下他所训练的关宁铁骑，关宁铁骑总数约三万人，为明末清初明朝三大精锐部队之一，还有一个就是李成梁所率的辽东铁骑。关宁铁骑驰骋疆场几十年，从辽东到北京，从北京到秦蜀，从秦蜀到云南，从云南到缅甸，再到北京。几十年中，这支骑兵阵斩过蒙古名王，打败过八旗护军、刺杀过多尔衮、追杀过李自成、追剿过张献忠，在吴三桂未死前打到清庭怯战，康熙亦曾一度禁止八旗与其进行野战，最后随着军团的末代主帅吴国贵战死而陨落。
袁崇焕守辽东时力主“以辽人守辽土“，在辽民中精选身体强壮者，充实各军，同时大力栽培祖大寿等一大批辽将。借着宁远大捷后明军士气有所回升，开始于与后金军骑兵作战的机会，袁崇焕苦练出了一支兵力并不很大，但战斗力相当强的骑兵。这支部队后来被人们称作“关宁铁骑“，是明末最精锐的部队，战力高于后金六旗，能与八旗军中护军正面交锋。当时宁锦之战时，袁崇焕率关宁铁骑打的皇太极连连败退。
自辽事者，所用人鲜有胜任者。当时所望成功者，惟熊廷弼、孙承宗、袁崇焕。”
袁崇焕被下狱了，刚好孙承宗前些日子又回来了，没办法接着干吧，此时孙承宗已接近70高龄。
刚好此时祖大寿在城外与清军作战时被自家军队用炮石砸击，祖大寿、何可纲又闻主帅无故下狱，顿时大愤，率兵驰回山海关。孙承宗得知祖大寿往东溃走，急忙派遣贾登科带着自己的书信去抚慰祖大寿，又派石柱国抚慰其它将士。祖大寿却不为所动。虽然孙承宗也认为袁崇焕有罪，但仍然上书朱由检，力保祖大寿，说祖大寿不会真的反叛。孙承宗又派人让祖大寿上奏章说明自己为什么往东溃逃，祖大寿于是向皇帝朱由检上书，朱由检非常高兴，不怪罪祖大寿。而辽东将士大多马世龙部曲，朱由检命孙承宗移镇关门，溃逃的将领听闻孙承宗与马世龙到来，才安心回归。
陈平间范增，周瑜弄蒋干，都是这般计策，此时最高兴的莫不过皇太极了。而且皇太极是计中有计，不乘势攻打明京，反向固安、良乡一带游弋。明廷还以为后金已退兵，略略疏防，不料后金兵复回转北京，直逼卢沟桥。崇祯帝封满桂为武经略，屯西直、安定二门，统辖全军，一面命各官保荐人才。此时庶吉士金声保荐两人，一个是游僧申甫，一个是翰苑出身刘之纶。
崇祯帝立刻召见，刚好刘之纶未曾在京，应召的只有申甫一人。崇祯问他有何才能？申甫答称：“能造战车。”当场试验，颇觉灵动，遂擢他为副总兵，令他招募新军，即日赴敌。申甫奉了上命，就在京中开局招兵，所来的都是市井游手好闲之徒及申甫素识的僧徒，就这样冒冒失失的领了出城，战车在前，步兵在后，大喊一声，向后金兵营冲将过去。后金军守住营寨，全然不动，前面的战车，也在途中停住了。蓦闻后金营中一声战鼓，把寨门一开，千军万马，拥杀过来，申甫还催战车急进，怎奈推车的人，早已不知去向。后金军提起大刀阔斧，杀入明军，好象削瓜切菜一般。这等游手僧徒，只恨爹娘少生两脚，没命的夺路乱跑。申甫也转身逃走，不到数步，被一后金兵赶到，刀起头落，把申甫直接送到西方极乐世界去了。