却说阿济格、多铎二王还朝后，与摄政王多尔衮相见，俱蒙殷勤款待，独肃王豪格，自山东还京，见了摄政王，偏碰着许多钉子，竟不知所为何因。
摄政王平日，喜欢中亦带着三分愁闷，一班攀龙附凤的功臣，从旁窥测，无从捉摸，其实他的心思，无非是苦于无法除去豪格。但是朱由崧被俘，李自成已亡，这一连串的胜利不禁使多尔衮喜出望外，他以为天下就此平定，江山已归一统。遂他已对大学士们表示要重行剃发之制，六月初，正式向全国发布剃发令。此举激起了全国人民的激烈抗争。
六月中旬忽报明潞王朱常淓在杭州监国，原来弘光帝朱由崧被俘的消息传到杭州，于是马士英、阮大铖、朱大典、袁宏勋、张秉贞、何纶等商量请当时在杭州的朱常淓监国，邹太后（弘光帝朱由崧嫡母）亦命朱常淓监国，懿旨曰：“尔亲为叔父，贤冠诸藩。昔宣庙东征，襄、郑监国，祖宪俱在，今可遵行。”六月初八日监国于杭州，次日，黄道周建议朱常淓即位称帝，但朱常淓却根据马士英的意见，派陈洪范作为代表与清军和谈。
在朱常淓宣布监国后先后有应天的威宗太子王之明、抚州的益王朱慈炲，等监国政权先后建立。
多尔衮遂派贝勒博洛率兵攻打杭州，博洛与尼堪、满达海并称为清楚理政三王，是清太祖努尔哈赤之孙、饶余郡王阿巴泰第三子。待清军逼近杭州，马士英与总兵方国安，上前迎敌，连战连败，向西窜逸，阮大铖、朱大典等均各自逃命。博洛率清兵追至钱塘江，沿江立营，朱常淓等人料他潮至必没，谁知潮水竟三日不至。清兵渡江攻城，潞王朱常淓无兵无饷，哪里还能固守？只好与巡抚张秉贞等，开门乞降。当年九月与弘光朝廷的一些被俘官员一起被送至北京。
多尔衮刚看了捷报没几日，又报唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，在福州监国称帝，这时由于多尔衮再次宣布剃发令，江南一带掀起了反剃发的抗清斗争，清军后方发生动乱，一时无力继续南进。明给事中陈子龙、总督沈犹龙、吏部主事夏允彝联合水师总兵黄蜚、吴志葵起兵松江；明兵部尚书吴易、举人沈兆奎等起兵吴江；卢象观起兵宜兴；葛麟、王期昇起兵太湖；明主事荆本彻、员外郎沈廷扬起兵崇明；明副总兵王佐才起兵昆山；明通政使侯峒曾、进士黄淳耀起兵嘉定；明礼部尚书徐石麟、平湖总兵陈梧起兵嘉兴；陈明遇起兵江阴；明佥都御史金声起兵徽州。
多尔滚恍然道：“看来东南一带，是不容易到手了。”
范文程道：“爝火之光，何足以蔽日月？总教天戈一指，就可一概荡平。”
多尔衮道：“英豫二王，甫命还朝，不便再发，现在驱遣何人？”
范文程道：“莫如洪承畴洪老先生。他能文能武，请他督理南方军务，定能奏效。”
多尔衮遂任命洪承畴为招抚南方总督军务大学士，敕赐便宜行事。令贝勒博洛，仍驻杭州。认命礼烈亲王代善之孙、和硕颖毅亲王萨哈廉次子勒克德浑为平南大将军，率都统完颜叶臣出守江南。三人议定，便照例奏请，即于次日下旨。承畴以下，除博洛在杭外，各奉命而去。
此时多尔衮正令海内军民薙发易服，违者立斩。清刚入关时，政从宽大，薙发与否，暂听民便，此次谕下，要么薙发，要么砍头，怕死的人，哪个敢以头易发？自然奉旨遵行。是时江南使臣左懋第，尚羁居北京太医院，他的随员艾大选，也遵旨薙发，被左懋第杖死。摄政王多尔衮还不放弃劝降的企图，命左懋第的弟弟左懋泰前去劝降。
左懋第正色道：“汝乃满清降官，何得冒称吾弟？”并叱出左懋泰，左懋泰回报多尔衮，清廷以擅杀人命的罪名将他逮下刑部。次日，摄政王多尔衮召见左懋第，左懋第丧冠白袍，南面坐于阶下，不拜亦不语，多尔衮喝令跪下。
左懋第道：“我乃天朝使臣，安肯屈膝番邦？”
多尔衮道：“汝国已亡，汝主已戮，尚有何朝可说？”
左懋第道：“大明宗支，散处东南，一日不尽，一日不亡，就使绝灭，我是明臣，甘为明死，要杀就杀。”
多尔衮道：“汝已食清粟一年，还得自称明臣么？”
左懋第道：“汝夺明粟，已是无理，反说我食清粟，真是可笑！”
多尔衮道：“你何故杀你随员？”
左懋第道：“我杀随员，与你何干！”
多尔衮道：“你为何不肯薙发？”
左懋第道：“头可断，发不可断。”
语未毕，左侧闪出一道：“左先生何不知兴替？”
左懋第鄙夷道：“兴替，国运之盛衰，廉耻，人臣之大节。先生知兴替，知不知廉耻？我左懋第今日只有一死，何必多言！”
多尔衮最后还是决定将他斩首，遂被押往菜市口。在刑场上，多尔衮再次劝降，左懋第坚贞不屈，不为所动，并昂首高步来到菜市口，南向两拜，北向两拜，然后端坐受刑。刽子手跪在他面前挥涕稽首不忍下手，都中士民奔走流泪，拜送者不可胜计。左懋第慷慨从容就义。时年四十五岁。
左懋第就义后，人们发现了他在太医院写下的绝命词：“峡坼巢封归路回，片云南下意如何？寸丹冷魄消磨尽，荡作寒烟总不磨！”表达了他忠心报国、视死如归的民族气节。后被人民誉为“明末文天祥”。