弘光元年、清顺治二年（1645年），唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，在福州监国称帝，并迅速得到各省的承认。但由于消息隔绝，朱聿键监国后四十天鲁王朱以海也在绍兴监国，并任命张国维、朱大典和宋之普为东阁大学士，不久又起用旧辅臣方逢年入阁为首辅。
此时平南大将军勒克德浑已率兵南下，沿途所经多望风迎降。苏州巡抚王国宝，松江提督吴兆胜，统遣使奉书，称愿效麾下。勒克德浑用以汉攻汉的计策，令降臣前驱，出兵略地。到了常州，击败松江水师黄蜚、吴志葵，进略昆山，战胜王佐才，又陷崇明，乘胜到嘉定。
侯峒曾、黄淳耀二人，激励兵民，死守嘉定，并嘉定城楼上树起了“嘉定恢剿义师”的大旗，在嘉定四门布置兵力。侯峒曾带着儿子侯玄演、侯玄洁负责守卫东门、北门，并在北门仓桥炮击清兵，杀死清将李成栋的弟弟李成林，清军围攻数日攻嘉定不下。此时李成栋运到大炮数尊，接连攻城。
李成栋少时跟随李自成部下高杰为盗，号“李诃子”，后随高杰归附明朝，累官总兵，驻守徐州。时至豫亲王多铎奉多尔衮之命征讨江南，李成栋率所部剃发投降满清，并跟随清军攻打浙江、福建、广东，参加了多铎制造的扬州十日。
嘉定城各头领率众在城上日夜巡逻，嘉人士争相执刃以从，人情颇觉鼓舞。为阻止清军进犯，侯峒曾又下令将城外各桥毁坏，东、北二门俱用大石垒断街路，西、南二门用圆木乱石横塞道途。
清军击败了城外各村镇的乡兵后，便将嘉定城四面包围。随即李成栋下令，集中火炮齐轰东，西二门。清兵攻城甚急，多缚软梯至城下，城上则砖石如雨。守城民众虽亡失甚众，但仍顽强不屈。若有某断城墙被炮火轰塌，城内民众便及时用木料和充土布袋堵塞之。黄昏时分，突然暴雨如注，狂风骤起。一阵阵的大雨，似倾盆的下，守城民众仍毫不畏惧，冒雨抵抗。
翌日破晓时分，暴风骤雨仍然不止。时城上民众已连续守城三昼夜，遍体淋湿，加之饮食已绝，故人人身疲力竭。李成栋遂令士兵“置灯于地穴中，炮发震城。”火炮声“终日震撼，地裂天崩，随着城墙一隅在炮声中轰然倒塌，李成栋引着清兵，一拥入城。清兵悉从屋上奔驰，通行无阻。城内难民因街上砖石阻塞，不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流。
侯峒曾、黄淳耀二人，犹率死士巷战，自朝至暮，候峒曾力竭与二子投叶池殉国，黄淳耀与弟黄渊耀自缢于西林庵。黄淳耀死年41岁，其弟黄渊耀仅22岁。
黄淳耀留下绝命书：“弘光元年，七月初四日，进士黄淳耀自裁于西城僧舍。呜呼！进不能宣力皇朝，退不能洁身自隐，读书寡益，学道无成，耿耿不昧，此心而已。异日夷氛复靖，中华士庶，在见天日，论其世者，当知予心！”
嘉定城城破，李成栋下令屠城，市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍。妇女们惨遭强奸。如遇抵抗，军队就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸淫。大屠杀持续了一天，直到尸体堵塞了河流，大约有三万多人遇害。李成栋率军离开嘉定城。
但嘉定城的劫难仍然没有结束。李成栋大屠杀后的三四天，侥幸逃脱的嘉定的幸存者开始溜回城里。他们回城后在一个叫做朱瑛的义士领导下，重新集结起来，共两千多人。朱瑛领导着幸存者们在这座残破的城市展开了一场反屠杀运动，处死了归降清军的汉奸和清军委派的官吏。李成栋又领着军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，把吴之番数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠。
后人称为嘉定三屠，便是这场惨剧。
经过李成栋的三次屠杀令，嘉定反清运动基本平息下来，但在清军的三次屠城中，嘉定城内民众无一投降者。剃发令对当时的汉人而言，心理上是难以承受的。“身体发肤受之父母，不可损伤”，这是千年以来形成的伦理观，也是一种根深蒂固的思维方式。剃发不仅有违传统，也被视为侮辱。
在嘉定至今还能看到多处纪念侯峒曾和黄淳耀的遗迹。嘉定城西有侯黄桥，汇龙潭公园有侯黄先生纪念碑，上海大学嘉定校区的西林寺旧地址有吴玉章先生题写的“陶庵留碧”碑，碑背镌刻着吴玉章先生的七律诗：“长虹碧血气冲天，爱国英雄继千万，且喜纪元新世界，翻天覆地换人间。”