顺治四年、明永历元年（1647年）二月，朱由榔在桂林闻报平乐被袭，李成栋大军直指桂林，甚是恐慌。
刚好刘承胤兵至全州，上奏疏迎驾至武冈，司礼监太监王坤也请朱由榔去刘承胤的军营。瞿式耜反复劝说，甚至痛哭流涕，朱由榔也不听。临走时，要瞿式耜一起走。瞿式耜说：”皇上要我一起走，是对我关心，但我负有保卫桂林的责任，就是为它牺牲，也心甘情愿。”自请留守桂林。朱由榔升任其为文渊阁大学士，兼兵部尚书，赐剑，便宜从事，又命麾下焦琏为总兵，助瞿式耜守城，自己于王坤等去了全州刘承胤部。
第二天清兵突然袭击桂林，攻入文昌门。瞿式耜沉着指挥，依靠焦琏、白贵、白玉等部队奋勇厮杀，与清兵连战两昼夜，李成栋所率清兵全面溃退。第二天傍晚，又直捣清营，把清兵杀得落花流水，弃甲而逃，明军追赶数十里才回。
瞿式耜又命焦琏收复平乐、梧州，遣人至朱由榔处报捷。
此时朱由榔已至全州，镇将刘承胤开城出迎，起初还算恪守君臣之礼，后来渐渐跋扈。斥责王坤弄权，逐出全州，当众殴打兵科给事中刘尧珍，因为他们取笑太仆卿郑逢元，而郑逢元是刘承胤的亲戚。
刘承胤扬言清兵将至，瞿式耜已降清，迫朱由榔徙武冈，进封武冈侯。刘承胤又请封锦衣指挥马吉翔、郭承昊、严云从皆为伯爵，推举自己的亲戚郑逢元为兵部右侍郎。以刘远生为太仆寺卿、刘湘客为右谕德、主事刘真为御史、萃士刘鲁生为编修；四人皆以刘姓与承胤为兄弟，故皆得到提拔。刘承胤自恃兵盛，挟制朝廷，骄横日甚。群臣畏其刚暴，争着向他谄媚来保护自己的地位，交文章颂功德，乃封吴国公加上柱国，赐尚方剑、蟒玉督师。
朱由榔不堪胁迫，密遣人求救于何腾蛟。刘承胤本为何腾蛟部将，现在却挟天子令诸侯，何腾蛟闻之甚怒。但此时清廷正命孔有德为平南大将军，偕耿仲明、尚可喜等，进兵湖南。何腾蛟麾下的镇将，或遁或亡，连何腾蛟也不能抵御，自长沙走衡州。
长沙、湘阴一同失陷，清兵进攻衡州，何腾蛟又自衡州奔向永州，但又被清兵追逼。六月何腾蛟奔至白牙市，又接到朱由榔密函，命令他到武冈除掉刘承胤。何腾蛟于是前去拜见朱由榔，朱由榔和王太后都召见了他。朱由榔与他密议良久，怎奈何腾蛟只赤手空拳，没有能力可除刘承胤。适赵印选、胡一青两将从赣州到武冈，朱由榔乃命二将隶属腾蛟，密令后图。
何腾蛟领命，辞还白牙，途中被刘承胤党羽围住，亏得赵、胡两人率兵前来，护其杀出重围。既还白牙市，闻瞿式耜战胜桂林，便前往桂林瞿式耜处。
刚至桂林，又闻清军攻克武冈，刘承胤投降，何腾蛟、瞿式耜免不得一番惊惶着急。探得朱由榔先逃往靖州，后来又到了柳州。当时常德、宝庆已经丢掉了，永州也再次陷落。
何、瞿二人乃联名奏请还驾。至朱由榔已回桂林，即开了一番会议，命湘粤诸将分路出守，互相接应。